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本文目录一览：
- 1、生信技能树,RNA-seq
- 2、【荐藏】生物信息学习分析入门需要点亮的技能树
- 3、在全新服务器配置转录组测序数据处理环境
- 4、如何将参考基因组上传到服务器中生信
- 5、关于人类参考基因组及注释文件,一篇就够了
- 6、生信小工具之:并行解压神器pigz
生信技能树,RNA-seq
②《Genes》期刊上的一篇关于“转录组分析识别出Palbociclib耐药性ER+ MCF7乳腺癌细胞中差异表达的基因”的免费全文文章，链接：https：// 这两篇文章主要研究的是差异表达的基因以及参与乳腺癌对Palbociclib耐药性发展的途径。
RNA-seq流程一般包括实验设计、质量控制、比对、基因和转录定量、表达可视化、差异基因筛选、选择性剪接、功能分析和基因融合检测等模块。分析步骤多样，需要根据具体实验目的选择合适的方法。实验设计时需考虑目标RNA提取策略、文库类型、测序深度和实验重复次数。
特别值得一提的是，它在B站上分享了100小时的免费生信工程师教学视频，涵盖了WES， RNA-seq， ChIP-seq， ATAC-seq， 单细胞、甲基化芯片、lncRNA和miRNA等多种组学数据分析，这些都是由Jimmy曾健明先生无私贡献的宝贵资源。
【荐藏】生物信息学习分析入门需要点亮的技能树
1、生信技能树覆盖了生信基础、入门和进阶的各个方面，同时整理了相关软件安装、服务器配置、环境搭建、编程语言学习（如R语言）、数据库应用以及各种数据分析实战教程，如NGS、DNA甲基化、ATAC-seq、Chip-seq等。无论你是初学者还是进阶者，都能在这里找到适合的学习内容。
2、总的来说，【生信技能树】是你的生物信息学习伙伴，它像一棵繁茂的技能树，为你提供了全面且深入的生物信息学知识，助你在这个领域茁壮成长。所以，无论你是寻找入门指南，还是寻求进阶提升，这里都是你的理想之地。
在全新服务器配置转录组测序数据处理环境
1、配置conda环境 建议每个服务器用户安装独立conda环境，简化操作。在安装conda后，配置镜像（网络状况良好的服务器无需此步）。conda提供了一个强大的平台来管理和分发软件包，简化软件安装和环境管理。安装生物信息学所需软件 关键包括四个软件。确保这些软件已成功安装，避免执行错误代码。
2、FastQC是一个免费使用的质量控制工具，专门用于高通量测序数据的快速、准确评估。适用于RNA-seq数据质量控制。本文将使用拟南芥转录组数据为例，详细说明FastQC在RNA-seq数据质控的应用。
3、生信技能树覆盖了生信基础、入门和进阶的各个方面，同时整理了相关软件安装、服务器配置、环境搭建、编程语言学习（如R语言）、数据库应用以及各种数据分析实战教程，如NGS、DNA甲基化、ATAC-seq、Chip-seq等。无论你是初学者还是进阶者，都能在这里找到适合的学习内容。
4、SCS【2】单细胞转录组 之 cellranger单细胞RNA测序技术的兴起极大地推动了基因表达研究的发展。面对日益增多的分析工具，理解并构建有效的单细胞分析工作流变得至关重要。cellranger，由10X Genomics公司推出的专用工具，简化了这一过程。
如何将参考基因组上传到服务器中生信
1、打开NCBI，点击Submit，然后会被导航到新的页面。选择提交的数据库。往下滑动的过程中，选择参考基因组进行数据提交，点击Submit即可。登录。在点击Submit之后，会继续导航到新的页面，并可能看到如下提示，这是在提示需要先登录NCBI然后再进行数据提交，目前NCBI支持微软账号直接登入。
2、在GENCODE中下载： 点击下载基因组注释文件： 我选择第一行中的GTF/GFF3 点击下载参考基因组： 下载完成后，使用gunzip命令进行解压。
3、（1）faidx ：index/extract FASTA 本命令对参考基因组（如hg19等）的fasta文件建立索引文件，生成的文件以.fai后缀结尾。（2）sort： sort alignment file 本命令对bam文件中的序列进行排序，默认下是按序列在fasta文件中的顺序（即header）和序列从左往右的位点排序。
4、峰检出的原理如下：首先将所有的reads都向3方向延伸插入片段长度，然后将基因组进行滑窗，计算该窗口的dynamic λ，λ的计算公式为：λlocal = λBG(λBG是指背景区域上的reads数目)，然后利用泊松分布模型的公式计算该窗口的显著性P值，最后对每一个窗口的显著性P值进行FDR校正。
5、在GENCODE中，选择GTF/GFF3下载基因组注释，它们由9列组成，GTF以Tab键区分，便于传输。NCBI提供另一份GTF和GFF文件，解压后对比显示，NCBI的注释文件包含更多详细信息。虽然Gencode的注释文件可能稍少，但对于只关注编码基因的分析，差异可能不大。考虑到偏好，后续分析我倾向于使用NCBI版本的文件。
6、内存 内存是CPU和硬盘之间数据交流的媒介，计算机需要将存储在硬盘上的数据读取到内存中，CPU才能用来计算，而CPU不能直接读取硬盘上的数据，必须通过内存这个缓冲区，举个例子，CPU是大脑，内存是脖子，脖子以下是硬盘。内存往往就是“瓶颈”。
关于人类参考基因组及注释文件,一篇就够了
在GENCODE中，选择GTF/GFF3下载基因组注释，它们由9列组成，GTF以Tab键区分，便于传输。NCBI提供另一份GTF和GFF文件，解压后对比显示，NCBI的注释文件包含更多详细信息。虽然Gencode的注释文件可能稍少，但对于只关注编码基因的分析，差异可能不大。考虑到偏好，后续分析我倾向于使用NCBI版本的文件。
... 下载完成后，使用gunzip命令进行解压。
然后再做到基因组的时候，我们都知道基因组它是非常大的尺度，所以又发明了一些新的尺度单位，像Mb指的是百万碱基对。 这个是基因组计划之前的，我们对人类基因组的一些了解。我们知道人类基因组的长度，一个单倍体的基因组的长度大概是30亿个碱基对。
生信小工具之:并行解压神器pigz
这次推送给大家带来一个并行解压的神器 pigz 。简单来说，由Mark Adler编写的pigz基本上就是并行gzip，可以有效的提高解压或者压缩的速度。默认情况下，它使用与你的处理器所拥有的相同数量的线程进行压缩。
对于生物信息学领域的专业人士来说，高效压缩技术无疑极为重要。在此，我分享一种利用pigz快速压缩/解压缩文件的方法。pigz能够充分利用多线程性能，显著提升压缩速度。为了安装pigz，你可以使用conda、yum等工具。我采用mamba进行安装，步骤简单快速。
关于生信服务器租和深信服服务器价格的介绍到此就结束了，不知道你从中找到你需要的信息了吗 ？如果你还想了解更多这方面的信息，记得收藏关注本站。
